案情简介：SB企业作为EB企业的供应商，平时有大量的业务往来。某日，EB企业发现，SB企业开给EB企业的增值税专用发票居然被SB企业单方面作废了，在金税系统里无法完成全国比对，涉及税款10万元。由于该发票已经被进入金税系统做进项认证，税务机关稽查局接到协查信息，要求EB企业补交税款并处罚款。
税务分析：根据《国家税务总局关于认真做好增值税专用发票发售、填开管理等有关问题的通知》（国税函[2003]785号）第四条规定：在未收回专用发票抵扣联及发票联，或虽已收回专用发票抵扣联及发票联但购货方已将专用发票抵扣联报送税务机关认证的情况下，销货方一律不得作废已开具的专用发票。
《国家税务局关于金税工程发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知》（国税函[2001]730号）第二条规定：目前，增值税计算机稽核系统发现涉嫌违规发票共分“比对不符”、“缺联”、“抵扣联重号”、“失控”、“作废”、“缺红字抵扣联”等六种。
1、凡属于增值税计算机稽核系统发现的上述涉嫌违规的发票，均不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。
2、属于“比对不符”、“缺联”、“失控”、“作废”的发票，应移交稽查部门处理。
因此，稽查局根据上述规定，对EB企业作出了补交税款并处罚款的处理决定。
税务层面合理性问题：
作为发票的接收方，EB企业对于发票被单方作废，其主观上没有恶意，甚至连过失都没有，就SB企业单方作废发票的问题，对EB企业而言更接近于一种“意外事故”或者说是“不可抗力”，其本身是“受害者”。作废发票是SB企业的单方行为，主观过错也属于SB企业，但税务机关却根据相关税务法规对EB企业做出不得抵扣税款并处以罚款，实属不合理。
民法层面的诉讼风险问题：
在民事层面上，开票单位单方作废增值税发票的行为，是违反了合同的后合同义务。后合同义务，是指在合同终止后，当事人根据诚实信用原则而应当履行的旨在维护给付效果或者妥善处理合同终止事宜的通知、协助、保密等义务。
1、后合同义务是合同终止后当事人应当履行的义务。
2、后合同义务不是根据合同双方当事人约定的义务，而是基于诚实信用原则和交易习惯而产生的义务。因此，后合同义务是一种法定义务，一种强行性义务。
3、后合同义务的目的是维护给付效果或者妥善处理合同终止事务，就是违反后合同义务给对方当事人造成损失的，应当承担赔偿责任。
因此EB企业可以起诉SB企业，要求SB企业赔偿其因此受到的损失。包括发票不得抵扣的税款损失和税务机关罚款的损失。
建议：
建议税务机关内部建立税务联动机制，如税务机关发现类似情况，收票单位方的税务机关内部应该发函至开票单位方的税务机关，要求对开票方处以罚款，而非直接处罚收票单位。这样既体现了公平正义，也避免了双方的诉讼，节约司法资源。
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